债券代持是指在银行间市场通过不转移实质所有权的交易，而请他人代其持有债券的业务。
一、判断债券代持是否合法的方法：
1、监管机构会按照债券交易量排名来进行优秀评定和国债承销资格，因此对于银行、券商来说，都有意愿成为代持方，用来冲击交易量排名。
2、为了将利润转移释放，用来修饰财务报表。通常，在季末年末等关键时点，一些机构为了掩盖债券投资的亏损，就以代持方式向其他机构转移这部分亏损。
3、像银行在考核时点将债券暂时转出来降低风险资本占用量等。过去代持行为多发生在银行，现在券商和基金的需求量也在增大。
二、债券代持和质押式回购的区别：
质押式回购是指债券持有人（正回购方）将债券质押给资金融出方的同时，与买方约定在未来某一日期，以约定的价格从资金融出方买回该债券。质押式在质押期间和交割后，所有权一直都在正回购方手里。
债券代持则是完全靠信用和所谓的协议来约束的，到期交割时，有可能代持方就不交割了。
三、防范债券代持业务风险的方法：
债券代持业务对出资方和融资方发展资金业务均有益处，农村合作金融机构在风险可控的情况下进行债券代持业务操作，关键在于规范债券代持业务，宜疏不宜堵，最重要的是加强监管，让其阳光化。
1、提高交易对手选择标准。
出资方代持风险点主要来源于交易对手风险，交易对手没有资金实力，则有可能毁约以导致出资方资金不能收回。因此，对交易对手的选择必须保持谨慎，除要求财务指标达标外，一般以上市公司及大型央企为佳，坚决抵制同一些私募投资公司（此类公司往往采取高杠杆运作，自身资金实力很差）等进行此类业务，以免产生违约风险。理论上而言，出资方也可能存在不归还融资方债券的行为，交易对手风险对于出资方和融资方均存在，因此就更需交易双方提高交易对手选择标准。
2、加强业务风险监管力度。
债券代持业务作为金融创新业务，已经成为银行间市场成员之间的一种比较普遍的操作模式，建议上级行社要对此类业务进行风险提示，或在会计报表表外部分进行披露。要求债券代持双方签订正式的书面协议，以保障双方权益，增加代持到期时协议的约束力。建议省联社的资金系统中增强债券估值的功能，并能对超过波动幅度的债券交易进行及时预警，分析是否为债券代持业务。
3、构筑强大风险管理防线。
债券代持业务作为金融机构加快经营转型的一个着力点，给农村合作金融机构风险管理层面提出了更高要求。为进一步适应加快经营转型的要求，要努力构建经营转型条件下的风险管理理念，并全力形成与之相适应的体制机制，出台行之有效的方法手段，创建特点鲜明的制度文化，实现各类风险管理的全面化、科学化和有效化，真正做到为业务发展保驾护航。
