为什么农村医保卡里的余额每年会清零

不是你所说的那样。
农村合作医疗从2018年开始，开设了个人的社保账号，并办理了社保卡，这就说明了农村合作医疗从今年开始不会再出现年底清零的现象，一旦农村合作医疗费用当年有剩余的话，可以结转到下一年继续使用。如果哪年断交农村合作医疗的话，如果接着再交农村合作医疗必须补交上一年的农村合作医疗费用，其所交的费用包括个人部分以及国家补贴的部分。
法律依据
《社会保险法》
第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。 新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。 城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。 享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。