我现在证券公司工作的，又有期货资格证，但是签署的居间不是自己公司控股的期货公司，这样行么？

这个没有关系的 ，目前期货公司规定 居间没有期货从业资格证也可以， 如果你们证券公司没有强制规定非得开在旗下的期货公司 ，你可以开到别的期货公司 做居间，这个没有问题的 。